COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-24 17:00:00 18.459175 18.459175 19.985638
2021-03-23 17:00:00 18.389306 18.389306 19.976445
2021-03-22 17:00:00 6.994802 19.994091 20.057339
2021-03-21 17:00:00 21.410895 21.410895 20.130055
2021-03-20 17:00:00 20.398346 20.398346 20.208463
2021-03-19 17:00:00 21.939284 21.939284 20.353850
2021-03-18 17:00:00 20.691229 20.691229 20.397496

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-24 17:00:00 14.193270 14.193270 16.530592
2021-03-23 17:00:00 12.344058 12.344058 16.485539
2021-03-22 17:00:00 21.990741 10.082250 16.800690
2021-03-21 17:00:00 18.318630 18.318630 16.752053
2021-03-20 17:00:00 21.867612 21.867612 16.742540
2021-03-19 17:00:00 21.764092 21.764092 17.210672
2021-03-18 17:00:00 16.733068 24.043716 17.427385

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-24 17:00:00 19.965278 19.965278 19.596426
2021-03-23 17:00:00 20.934256 20.934256 19.810809
2021-03-22 17:00:00 11.111111 19.651741 19.645103
2021-03-21 17:00:00 19.459459 19.459459 19.543101
2021-03-20 17:00:00 23.407643 23.407643 19.519759
2021-03-19 17:00:00 16.315049 16.315049 19.257702
2021-03-18 17:00:00 25.942029 17.898551 18.955563

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-24 17:00:00 12.219618 12.219618 12.606815
2021-03-23 17:00:00 10.837607 10.837607 12.561004
2021-03-22 17:00:00 9.208973 12.272809 12.554299
2021-03-21 17:00:00 16.043614 16.043614 12.607209
2021-03-20 17:00:00 12.717883 12.717883 12.539149
2021-03-19 17:00:00 15.228838 15.228838 12.482295
2021-03-18 17:00:00 13.439787 13.439787 12.461404

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-24 17:00:00 12.158145 12.158145 14.671918
2021-03-23 17:00:00 15.001611 15.001611 14.974269
2021-03-22 17:00:00 36.799327 15.101248 15.014965
2021-03-21 17:00:00 15.847999 15.847999 15.286893
2021-03-20 17:00:00 16.241402 16.241402 15.545048
2021-03-19 17:00:00 12.898850 12.898850 15.967209
2021-03-18 17:00:00 13.696014 13.696014 16.232712

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-24 17:00:00 35.545024 35.545024 45.039733
2021-03-23 17:00:00 42.706360 42.706360 44.968337
2021-03-22 17:00:00 68.699319 68.699319 45.898555
2021-03-21 17:00:00 48.170012 48.170012 45.387626
2021-03-20 17:00:00 42.838019 42.838019 44.938416
2021-03-19 17:00:00 53.071417 53.071417 44.829816
2021-03-18 17:00:00 39.553055 39.553055 44.439786

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-24 17:00:00 18.207885 18.207885 19.136668
2021-03-23 17:00:00 18.079842 18.079842 19.486530
2021-03-22 17:00:00 29.347826 11.267214 19.849415
2021-03-21 17:00:00 20.554765 20.554765 20.025152
2021-03-20 17:00:00 21.282593 21.282593 20.390308
2021-03-19 17:00:00 21.885522 21.885522 20.609338
2021-03-18 17:00:00 24.338624 24.338624 20.862413

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-24 17:00:00 8.152848 8.152848 8.224291
2021-03-23 17:00:00 8.670117 7.112871 8.198371
2021-03-22 17:00:00 16.458065 6.817191 8.174252
2021-03-21 17:00:00 9.871717 8.553573 8.198651
2021-03-20 17:00:00 8.604640 8.604640 8.228616
2021-03-19 17:00:00 10.769837 10.769837 8.224317
2021-03-18 17:00:00 9.064044 9.064044 8.203425

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-24 17:00:00 15.671642 15.671642 13.174537
2021-03-23 17:00:00 13.215859 13.215859 13.112168
2021-03-22 17:00:00 21.319797 10.880829 12.859945
2021-03-21 17:00:00 17.949929 14.179104 12.726408
2021-03-20 17:00:00 16.630356 12.109659 12.585610
2021-03-19 17:00:00 15.288221 15.288221 12.563472
2021-03-18 17:00:00 11.452810 11.452810 12.515973

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-24 17:00:00 32.714493 32.714493 32.314007
2021-03-23 17:00:00 31.894589 31.894589 32.567432
2021-03-22 17:00:00 31.315085 33.113020 32.542321
2021-03-21 17:00:00 31.689360 31.689360 32.610353
2021-03-20 17:00:00 31.765949 31.765949 32.880218
2021-03-19 17:00:00 31.672598 31.672598 33.236013
2021-03-18 17:00:00 33.030800 33.030800 33.476503

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-24 17:00:00 19.446154 19.446154 19.345346
2021-03-23 17:00:00 15.237020 15.237020 19.374632
2021-03-22 17:00:00 31.812725 7.967529 19.787186
2021-03-21 17:00:00 24.196336 24.196336 19.864302
2021-03-20 17:00:00 22.181912 22.181912 20.140870
2021-03-19 17:00:00 23.736645 23.736645 20.487298
2021-03-18 17:00:00 23.475522 23.475522 20.692556

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-24 17:00:00 4.809287 4.809287 7.201024
2021-03-23 17:00:00 6.413302 6.413302 7.173594
2021-03-22 17:00:00 9.729730 3.342618 7.000112
2021-03-21 17:00:00 8.131241 8.131241 6.989209
2021-03-20 17:00:00 8.136483 8.136483 7.331436
2021-03-19 17:00:00 8.023483 8.023483 7.453691
2021-03-18 17:00:00 14.310954 14.310954 7.708858

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-24 17:00:00 9.660107 49.240122 48.914161
2021-03-23 17:00:00 7.884923 47.588424 50.054277
2021-03-22 17:00:00 0.024095 48.330404 50.676046
2021-03-21 17:00:00 43.930636 43.930636 51.094947
2021-03-20 17:00:00 46.215139 46.215139 51.853219
2021-03-19 17:00:00 59.905660 59.905660 52.415152
2021-03-18 17:00:00 53.054662 53.054662 53.499796

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-24 17:00:00 63.900415 63.900415 56.272240
2021-03-23 17:00:00 46.246973 46.246973 55.740312
2021-03-22 17:00:00 25.559105 25.559105 56.742816
2021-03-21 17:00:00 51.839465 51.839465 57.439659
2021-03-20 17:00:00 67.770419 67.770419 58.438302
2021-03-19 17:00:00 57.954545 57.954545 59.442002
2021-03-18 17:00:00 72.112676 72.112676 60.735618

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-24 17:00:00 28.930245 28.930245 23.138644
2021-03-23 17:00:00 22.296066 22.296066 22.855454
2021-03-22 17:00:00 31.694103 16.429922 22.547816
2021-03-21 17:00:00 28.923026 28.923026 22.476237
2021-03-20 17:00:00 22.646499 22.646499 22.295540
2021-03-19 17:00:00 28.270918 20.196208 22.489985
2021-03-18 17:00:00 25.658611 25.658611 22.447109

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-24 17:00:00 29.163823 29.163823 31.332667
2021-03-23 17:00:00 21.181263 28.395904 31.006788
2021-03-22 17:00:00 39.867737 29.915743 30.715916
2021-03-21 17:00:00 48.342714 48.342714 30.373436
2021-03-20 17:00:00 36.620499 36.620499 30.098962
2021-03-19 17:00:00 28.141258 28.141258 29.808625
2021-03-18 17:00:00 40.107879 32.402235 29.518175

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-24 17:00:00 6.137184 6.137184 6.425894
2021-03-23 17:00:00 7.542694 7.542694 6.198850
2021-03-22 17:00:00 12.096168 7.434773 5.988912
2021-03-21 17:00:00 7.625650 7.625650 5.899035
2021-03-20 17:00:00 4.206186 4.206186 5.756300
2021-03-19 17:00:00 6.027890 6.027890 5.593975
2021-03-18 17:00:00 6.859410 6.859410 5.500193

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-24 17:00:00 12.807634 12.807634 13.318311
2021-03-23 17:00:00 13.441919 13.441919 13.310793
2021-03-22 17:00:00 14.942787 11.842105 13.250891
2021-03-21 17:00:00 13.904913 13.904913 13.292969
2021-03-20 17:00:00 13.813814 13.813814 13.282551
2021-03-19 17:00:00 14.633731 14.633731 13.270036
2021-03-18 17:00:00 13.402412 13.402412 13.275595

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-24 17:00:00 11.453449 11.453449 12.229570
2021-03-23 17:00:00 12.014934 12.014934 12.306207
2021-03-22 17:00:00 17.319964 11.227103 12.297590
2021-03-21 17:00:00 13.677107 13.677107 12.293090
2021-03-20 17:00:00 13.582801 13.582801 12.245928
2021-03-19 17:00:00 12.280702 12.280702 12.169902
2021-03-18 17:00:00 13.200140 11.367999 12.023643

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-24 17:00:00 22.681452 22.681452 21.647505
2021-03-23 17:00:00 14.910026 19.247788 21.394902
2021-03-22 17:00:00 52.205882 19.826087 20.592015
2021-03-21 17:00:00 23.089431 23.089431 20.897703
2021-03-20 17:00:00 28.730823 28.730823 20.934687
2021-03-19 17:00:00 19.782609 19.782609 20.887015
2021-03-18 17:00:00 20.462850 20.462850 21.208227

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-24 17:00:00 21.472393 21.472393 17.135693
2021-03-23 17:00:00 7.425743 7.425743 16.635045
2021-03-22 17:00:00 39.694656 39.694656 17.158284
2021-03-21 17:00:00 11.666667 11.666667 17.296471
2021-03-20 17:00:00 18.373494 18.373494 17.133084
2021-03-19 17:00:00 29.439252 16.822430 17.308170
2021-03-18 17:00:00 19.170984 19.170984 17.323573

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-24 17:00:00 29.381295 29.381295 32.579899
2021-03-23 17:00:00 33.452442 33.452442 32.314881
2021-03-22 17:00:00 22.546541 43.874971 32.899529
2021-03-21 17:00:00 29.159772 29.159772 33.057260
2021-03-20 17:00:00 25.061305 25.061305 32.537438
2021-03-19 17:00:00 47.603675 47.603675 32.596205
2021-03-18 17:00:00 28.028012 28.028012 32.511433

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 14.193270 14.193270 16.530592
Basilicata 19.965278 19.965278 19.596426
Calabria 12.219618 12.219618 12.606815
Campania 12.158145 12.158145 14.671918
Emilia-Romagna 35.545024 35.545024 45.039733
Friuli Venezia Giulia 18.207885 18.207885 19.136668
Lazio 8.152848 8.152848 8.224291
Liguria 15.671642 15.671642 13.174537
Lombardia 32.714493 32.714493 32.314007
Marche 19.446154 19.446154 19.345346
Molise 4.809287 4.809287 7.201024
P.A. Bolzano 9.660107 49.240122 48.914161
P.A. Trento 63.900415 63.900415 56.272240
Piemonte 28.930245 28.930245 23.138644
Puglia 29.163823 29.163823 31.332667
Sardegna 6.137184 6.137184 6.425894
Sicilia 12.807634 12.807634 13.318311
Toscana 11.453449 11.453449 12.229570
Umbria 22.681452 22.681452 21.647505
Valle d'Aosta 21.472393 21.472393 17.135693
Veneto 29.381295 29.381295 32.579899

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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